Cottbus powstał na skrzyżowaniu dwóch ważnych dróg handlowych: "drogi solnej - drogi dolnej", która łączyła Niemcy środkowe ze Śląskiem (Magdeburg z Wrocławiem), i drugiej, prowadzącej z Frankfurtu nad Odrą do Drezna.
Pierwszy udokumentowany zapis pochodzi z roku 1156. Osadniczą historię dzisiejszego terenu miasta można śledzić do 3000 lat wstecz. W III i IV wieku po narodzeniu Chrystusa obszar dzisiejszej starówki zamieszkiwali germańscy osadnicy. W VIII wieku osiedlili się w tym regionie Łużyczanie, zachodniosłowiańskie plemię należące do Serbołużyczan. Przypuszczalnie w X wieku Serbołużyczanie / Wendowie wybudowali słowiański wał zamkowy na wysepce przy zachodnim brzegu Sprewy. W tym miejscu znajduje się dzisiaj góra zamkowa lub sądowa. Pod osłoną słowiańskiego grodu Wendowie założyli przed zamkiem osadę, która w ciągu XI i XII w. rozwinęła się w zabudowę wczesnomiejską (Surburbium). W trakcie zdobywania i kolonizowania Wschodu przez Niemcy gród ten został zajęty przez cesarskiego burgrabiego. Planowe założenie miasta w XIII wieku spowodowało, że coraz więcej Niemców osiedlało się na tym terenie. Wendowie i Niemcy od tej pory żyją wspólnie w tym mieście.
"Władcy Cottbusu", frankijski ród szlacheckiego stanu, panowali od 1199 do 1445 roku. Ich godłem rodowym był rak, który został przejęty do dawnej pieczęci miasta, a następnie do herbu miasta. W 1405 i 1406 roku Johann III nadał przywileje sukiennikom i płóciennikom.
Rynek dziewiarski, na którego istnienie dowody sięgają roku 1501, oraz korzystne położenie przy dwóch drogach handlowych zwiększały możliwości zbytu. W Czechach, Saksonii i Brandenburgii szybko powstał popyt na sukna z Cottbusu. Od 1445 roku (z wyłączeniem lat od 1807 r. do 1815 r.) Cottbus znajduje się pod panowaniem brandenburskim. Nadany w 1501 roku przywilej prowadzenia mili piwnej (Biermeile) oraz coroczna organizacja dwóch jarmarków tekstylnych świadczą o znaczeniu Cottbusu w owym czasie.
Epidemie dżumy oraz pustoszące pożary w ciągu dziejów, a także wieloletni zabór po wybuchu wojny trzydziestoletniej, przyniosły miastu zniszczenie, nieszczęścia i biedę.
Rozkwit gospodarczy przeżył Cottbus na początku XVIII wieku wraz z osiedleniem się francuskich Hugenotów. Wprowadzili oni nowe, dotychczas tu nieznane rodzaje rzemiosła, jak hodowla jedwabników, uprawa tytoniu, wyrób pończoch, czym ożywili rzemiosło i handel. Cottbuskie sukna były teraz znane w Danii, Szwecji, w Alzacji i Ameryce. Mocą postanowień Kongresu Wiedeńskiego w roku 1815 Cottbus i całe Dolne Łużyce, należące dotąd do Saksonii, zostały przyłączone do Prus.
Znaczącą koniunkturę gospodarczą przeżył Cottbus w XIX wieku na skutek rosnącego uprzemysłowienia (przemysł włókienniczy i wydobycie węgla brunatnego) i rozwoju samorządu komunalnego. Cottbus staje się centrum Dolnych Łużyc - miastem przemysłowym z nowoczesną infrastrukturą, kulturalno-społecznymi budowlami, ale także miastem z dużą ilością zieleni.
W czasach NRD Cottbus jest miastem wojewódzkim, od 1957 r. także najważniejszym dostawcą węgla i energii. Ale również przemysł budowlany, tekstylny i meblowy oraz przemysł spożywczy kształtują strukturę gospodarczą Cottbusu, który w 1976 r. otrzymał status wielkiego miasta.
Po zjednoczeniu Niemiec w październiku 1990 r. prywatyzacja gospodarki zapoczątkowała głębokie zmiany strukturalne miasta i regionu. Jako centrum usługowe, naukowe i administracyjne miasto obecnie pełni funkcję nadrzędnego ośrodka południowej Brandenburgii.
Na stronie internetowej Historycznego Stowarzyszenia Regionalnego (Historischer Heimatverein Cottbus) można dowiedzieć się więcej o historii miasta.